Mit CleanApp können Sie Applikationen, die Sie zur Zeit nicht benötigen, samt allen zugehörigen Dateien wie Benutzereinstellungen archivieren und zu einem späteren Zeitpunkt wieder entpacken. Nach dem entpacken steht das Programm mit sämtlichen Funktionalitäten und Einstellungen wieder zur Verfügung. Archive können mit einem .Mac Account direkt auf die iDisk gesichert werden.

Zusätzlich können Sie sich Cache-Dateien anzeigen und löschen lassen sowie Sprachen aus Applikationen entfernen, die nicht benötigt werden. Diese Sprachpakete können in der Summe sehr viel kostbaren Festplattenspeicher belegen, obwohl sie nie genutzt werden.

Mit CleanApp kann man einen Pfad wählen, der dann nach diesen Sprachpaketen durchsucht wird. Durch die Verwendung von Spotlight können Sie sich in CleanApp eine Liste anzeigen lassen, in der alle Programme des Systems aufgelistet werden. Das Protokollfenster listet zur Übersicht die von CleanApp augeführten Tatigkeiten auf.