3DSwapBalls hat ein recht einfaches Spielprinzip. Die auf dem Spielfeld befindlichen Steine mit unterschiedlichen Symbolen und Farben sollen entfernt werden. Dazu können Sie benachbarte Steine gegeneinander austauschen, sofern sich dann eine Reihe von mindestens drei Steinen ergibt und sich diese auflösen kann. Es lassen sich verschiedene Schwierigkeitsgrade einstellen in denen die Anzahl der Symbole oder die Anzahl der Farben zunimmt, Zudem können Sie auch die Spielfeldgröße einstellen, in der Demo jedoch nur bis maximal 8x8 Felder und in der registrierten Version bis 12x12 Felder. Zudem können Sie auch noch unterschiedliche Steinsets auswählen, das Spiel erfordert dann Ihre volle Konzentration.