In einer dem Windows Explorer ähnlichen Oberfläche ermöglicht HandyCrypto es Ihnen, beliebige Ordner zu verstecken und Dateien on the fly zu verschlüsseln. Das Tool unterstützt die Verschlüsselung von Verzeichnissen auf den Systemen FAT, FAT32 und NTFS. Sie können mit den Dateien trotzdem wie gewohnt weiter arbeiten, da die Dateien bei Zugriffen automatisch entschlüsselt werden.